Slavný český malíř a grafik Václav Hollar (1607-1677) nakreslil v roce 1636 mimo jiné pohled na Prahu proti proudu řeky směrem ke hradu. V popředí je vidět mlýny a mohutnou vodárenskou věž. V jejím sousedství trčí věž malého kostelíka. Je to kostel sv. Klimenta. Jak starý byl klimentský kostel v době, kdy jej Hollar kreslil?
Na tuto otázku nedovedeme dnes zcela přesně odpovědět. Po archeologickém průzkumu, který tu byl konán v roce 1976 je pravděpodobné, že kostel sv. Klimenta je, vedle Vyšehradu, „nejstarší známou svatyní na pravém břehu Vltavy“ v Praze a že se tím patrně řadí „mezi nejstarší kostely Klimentského zasvěcení v Čechách“. (Huml: Archeologické rozhledy 1977). To je závažné zjištění. Věrozvěstové Konstantin a Metoděj, kteří přišli na Moravu v r. 863, přinesli ostatky, o kterých věřili, že patří někdejšímu biskupu Klementu Římskému, který byl prý kdysi utopen na Krymu jako mučedník pro víru. Kostely, které u nás vyrůstaly jako ovoce jejich práce, mívaly často jméno tohoto patrona. Kosmova a Dalimilova kronika uvádějí, že dominikáni, kteří přišli r. 1226 do Prahy, dostali kostel sv. Klimenta na Poříčanech od krále Přemysla Otakara I. Zbytky kostela, který používali, byly u Klimenta objeveny. Archeolog rozpoznává zřetelné znaky dominikánského stavebnictví. Současně však vidí, že jsou tyto jejich stavební úpravy už kolikátou etapou v historii budování kostela, jehož vznik je třeba klást k začátku 11. století. Když přišli dominikáni r. 1226 ke Klimentu, byl jim tedy dáván do užívání křesťanský kostel, který tu tehdy stál už nejméně dvě stě let. Měl za sebou už období předrománské a dvě fáze staveb románských. Důvodem přestaveb kostela byla nejenom jeho poloha, ale i požáry, jejichž stopy jsou na starém zdivu ještě viditelné. Stál na knížecí půdě ještě před městskými hradbami při hlavní cestě, vedoucí z Prahy na východ a na sever, k vltavským brodům. Sloužil asi těm, kdo se tudy vydávali nebo vraceli z dalekých cest. Kostel sv. Klimenta zde stojí jako svědek takřka celých dějin Kristova lidu v této zemi. Zažil dobu pronikání křesťanství do polopohanské země. Stál tu zřejmě už v době, kdy se křesťanská církev dělila na byzantskou a římskou, východní a západní (1054). Sloužil v době raného i vrcholného středověku. Stál tu v dobách Husova zápasu o očistu církve a prožil reformaci. Přehnal se přes něj převrat pobělohorské protireformace, doba temna i osvícenské sekularizace. Ožil v čase, kdy se u nás začala konsolidovat potoleranční evangelická církev. Tehdy se stal kostelem reformovaného pražského sboru, později pak kostelem Českobratrské církve evangelické, vzniklé r. 1918 sloučením českých evangelíků helvetské a augsburské konfese. Dnes je nejstarším kostelem, který tato církev má. Kliment, který byl zprvu kostelem lidí na cestách, se po zařazení do Nového Města pražského stal kostelem lidí, o nichž dodnes vyprávějí názvy okolních ulic: mlynářů, plavců, barvířů, soukeníků, truhlářů, zlatníků apod. Předrománská a románská minulost prvních tří set let existence klimentského kostela byla odhalena a zhodnocena pracovníky archeologického oddělení Muzea města Prahy. Všechno bylo zmapováno, zfotografováno, zfilmováno a nakonec pečlivě přikryto plaveným pískem pod dnešní dlažbou kostela. Kostel prošel několika přestavbami. Nejstarší viditelnou a přístupnou částí kostela je jeho presbytář. Pochází někdy ze 14. století. Při restauračních pracích v něm byly objeveny zbytky jeho předreformační umělecké výzdoby. V r. 1784 byl zrušen a přestavěn na obilní skladiště. V r. 1850 byla do presbytáře vestavěna kruchta. Na jižní straně kostela bylo objeveno gotické sedile s profilovaným ostěním a renesanční freskou. Ukázalo se, že pod ní je ještě jiná malba. Bylo rozhodnuto fresku sejmout. Pod ní se objevila gotická malba znázorňující tři anděle, nesoucí draperii. Barvy jejich křídel naznačují, že představují Víru, Naději a Lásku. Na severní stěně byl objeven zazděný gotický sanktuář, který byl zrestaurován. Cenným objevem byly zbytky nástěnných maleb s motivy pašijních výjevů - Ježíšův vjezd do Jeruzaléma, jeho ukřižování a zmrtvýchvstání. Zachovaly se však jen torza maleb. Jsou datovány do období vrcholného rozvoje gotické malby v Čechách, tedy k r.1400. Velká péče byla věnována záchraně původní gotické omítky, objevené mezi žebry presbytáře.
V době podobojí byla stará klenba hlavní lodi snesena a při zvětšování kostela nahrazena novou, renesanční. Ta se zachovala dodnes. Po restauraci jsou vidět zbytky původní polychromie a pozdějšího zlacení. Další památkou na minulost je krásný renesanční nápis, vtesaný do kamene, který se nyní zasazen do čela chrámu: „Slovo Páně zůstává na věky. 1578“. Třetí památkou jsou staré renesanční dveře s letopočtem 1609. Byly původně umístěny při vnějším vchodu do sakristie, v šedesátých letech zrestaurovány a umístěny uvnitř. Je možné, že to je upomínka na vyhlášení náboženské svobody Rudolfovým Majestátem.
Po Husově smrti se stal kostelem husitským a zůstal jím až do začátku katolické protireformace v r. 1621. Od té doby se byl sv. Kliment chrámem římskokatolickým. Vybavení kostela ustoupilo novým oltářům. V r. 1717 jich tu bylo pět, jeden z nich zasvěcený Janu Nepomuckému. Roku 1784 byl kostel odsvěcen, koupen mlynářem Václavem Michalovicem za 700 zlatých, ten jej upravil na sýpku a skladiště. V srpnu r. 1850 koupil kostel sv. Klimenta v Tůních, jak se tu říkalo, farář Bedřich Vilém Košut. Zaplatil za něj 27 500 zlatých, získaných sbírkou mezi Pražany. Tak se stal opět evangelickým kostelem a zůstává jím dodnes.
Počátkem dvacátého století započalo úsilí o sjednocení českých evangelíků augsburského a reformovaného vyznání. Klimentská farnost při tom sehrála velkou roli. Na faře se sešli zástupci luterské a reformované církve a vypracovali rezoluci volající po zřízení české evangelické církve. V prosinci 1918 byla spojením obou církví ustavena jedna Českobratrská církev evangelická. Jejím prvním synodním seniorem se stal klimentský farář Josef Souček. Po něm se tu vystřídala řada farářů: František Bednář (1919-1927), T. B. Kašpar (1927-1931), Josef Křenek (1932-1939), Štěpán Šoltész (1940-1958), Jan Miřejovský (1958-1982), Jaroslav Čihák (1982-1988), Blahoslav Hájek (1988-2001), Eva Halamová (2001-2015) a Pavel Dvořáček (2015-2017). Od září 2017 je farářem sboru David Balcar.
Zrušení východní kruchty, vestavěné do apsidy kostela, si vyžádalo demontáž varhan. Byl to nástroj firmy K. Petr na Žižkově. Na ně hrával přes padesát let skladatel a hudební znalec prof. Jaromír Urbanec. Jednou na ně hrál i Dr. Albert Schweitzer. Ukázalo se, že varhany mají svůj čas za sebou a že bude třeba opatřit nové. Sbor se k tomu rozhodl 1979. Požádal prof. Dr. Jiřího Reinbergera o posudek, ten vyzněl pro varhany nové. Byly objednány u firmy Varhany-Krnov (Rieger-Klos) a za finanční pomoci různých přátel v cizině zakoupeny. Kolaudace varhan proběhla v r. 1980. Jsou to neobarokní varhany s mechanickou trakturou, tónovou i rejstříkovou, mají tři manuály, pedál a 27 znějících rejstříků. (více informací o varhanách)
